Aproximadamente 40% da superfície terrestre da RBCV é coberta por vegetação nativa de diferentes tipologias e estágios sucessionais, principalmente: Mata Atlântica Ombrófila Densa e Semidecidual; Mata Atlântica contato Savana / Floresta Ombrófila Densa; Cerrados, Campos Naturais, Florestas Altas, Restingas e Manguezais. O Território da RBCV, representa 7,5% da área total do Estado de São Paulo, abrigando por sua vez, aproximadamente 17,4% de toda a vegetação paulista. Esses ecossistemas terrestres, marinhos e costeiros, são responsáveis direta e indiretamente pelo fornecimento de serviços ecossistêmicos fundamentais à sua população (incluindo a provisão de água para abastecimento público), além de servir de habitat para toda a biodiversidade, que constitui milhares de espécies de seres vivos.

Muitas espécies de flora e fauna, de sua área de abrangência estão ameaçadas de extinção pela perda e degradação seus habitats. Cerca de 38% das espécies de vertebrados ameaçadas de extinção, no Estado de São Paulo, são encontradas no território da RBCV e com relação às espécies endêmicas da RBCV, 68% são consideradas ameaçadas.

Seu território apresenta um número expressivo de áreas protegidas públicas e privadas, onde as Unidades de Conservação abarcam 54,1% de todo o território (representando 48,6% da área terrestre e 54,1% da área marinha), sendo que 11,3% do território corresponde à Unidades de

Conservação do Grupo de Proteção Integral (representando 14,27% da área terrestre e 1% da área marinha), definidas também como Zonas Núcleo da RBCV. Também existem outras Áreas Protegidas importantes, de diferentes tipologias, que compõe o território da RBCV como: Áreas de Proteção e Recuperação de Mananciais (representando 19,34% do território terrestre RBCV + áreas urbanizadas), Áreas de Preservação Permanente, Reservas Legais, entre outras.

Relativamente à área terrestre da RBCV, as áreas urbanizadas equivalem à 14,5% do território, exercendo porém, enorme pressão e impacto no Cinturão Verde de São Paulo, que tem como principais ameaças: a expansão urbana desordenada, irregular e ilegal; a poluição do solo, da água e do ar; exploração ilegal de produtos florestais; caça ilegal; introdução de espécies exóticas invasoras da fauna e flora; incremento de atividades econômicas degradadoras do meio ambiente; especulação imobiliária; entre outras.